Overbevissing schaadt ecosystemen omdat het voedselwebben verstoort. Bovenaan het voedselweb staan toppredatoren, zoals tonijn of haaien. Andere vormen de basis van voedselketens, zoals zalm en haring. Hele ecosystemen en visserijen kunnen worden beïnvloed wanneer de populaties van deze vissen afnemen of verdwijnen. Daarnaast veroorzaken de methoden die gebruikt worden in de vispraktijken zelf ook aanzienlijke schade aan mariene ecosystemen. Vooral bij industriële visserij worden netten zo groot als voetbalvelden over de zeebodem gesleept (sleepnetvisserij of drijfnetten), waarbij alles wordt meegenomen en ecosystemen zoals koraalriffen, kelpwouden, zeegrasvelden en nog veel meer worden beschadigd. Veel vis en ander zeeleven wordt als bijvangst gevangen, maar dood weer overboord gegooid omdat ze commercieel niet waardevol zijn of er in eerste instantie niet op gemikt is.